Mi az a Protein Data Bank (PDB) fájl? Hogyan lehet megnyitni és megtekinteni a Windows 11 rendszerben?

A protein adatbank (PDB) fájl olyan fájlformátum, amelyet háromdimenziós biológiai adatok tárolására használnak. A PDB-fájlokat általában fehérjékre, nukleinsavakra és más biomolekulákra vonatkozó adatok tárolására használják. A PDB-fájlok számos módon megtekinthetők, például olyan szoftvereken keresztül, mint a PyMOL és a VMD. A Windows 11 rendszerben a PDB fájl megnyitásához lépjen a Fájlkezelőbe, kattintson a Nézet fülre, majd válassza ki a rejtett fájlok és mappák megjelenítésének lehetőségét. Miután ezt megtette, meg kell találnia a megtekinteni kívánt PDB fájlt. Az PDB-fájlok fontos eszközt jelentenek a biomolekulákkal foglalkozó tudósok számára, mivel lehetővé teszik az adatok háromdimenziós megjelenítését és elemzését. A PDB-fájlok megnyitásának és megtekintésének megértése tehát fontos készség mindenki számára, aki a bioinformatika vagy a számítási biológia területén dolgozik.

Protein Data Bank (PDB) fájlokat háromdimenziós molekuláris fájlok, amelyek molekuláris szerkezeteket tárolnak. Most, ha kíváncsi, hogyan lehet megnyitni az ilyen fájlokat számítógépen, ez a bejegyzés érdekelni fogja. Itt részletesen megvitatjuk az PDB fájlokat, és az ilyen fájlok megtekintését a Windows 11/10 rendszerben. Szóval minden további nélkül nézzük meg!

Mi az a Protein Data Bank (PDB) fájl?

Protein Data Bank A (PDB) fehérjék, nukleinsavak és más nagy molekulák 3D szerkezeti adatait tartalmazó adatbázis. Fájl innen GDP A fájlkiterjesztés alapvetően egy 3D biológiai molekula szerkezetére vonatkozó adatokat tartalmazó fájl. Az adatok magukban foglalják az atomi koordinátákat, az atomi szerkezeteket, az atomi kapcsolódást, a fehérjeszerkezetet, a nukleinsavszerkezetet stb. Kísérleti metaadatokat is tartalmaz.

Ezt a fájlformátumot széles körben használják a bioinformatikában a fehérje koordináták cseréjére. Több ezer sort tartalmaz, amelyek leírják a fehérje szerkezetét. Most, ha PDB-fájlokat szeretne olvasni vagy megtekinteni egy Windows PC-n, dedikált harmadik féltől származó eszközt kell használnia, mivel ehhez nincs natív alkalmazás. Ebben a bejegyzésben megvitatjuk a PDB-fájl Windows 11/10 rendszerben történő megtekintésének különböző módjait.

Hogyan lehet megtekinteni a Protein Data Bank (PDB) fájlt a Windows 11 rendszerben?

Kétféleképpen tekintheti meg a Protein Data Bank (PDB) fájlt a Windows 11/10 rendszerben:

1. Használjon ingyenes szoftvert a PDB fájlok megtekintéséhez.
2. Próbáljon ki egy ingyenes online eszközt a PDB-fájlok olvasásához.

1] Használjon ingyenes szoftvert a PDB-fájlok megtekintéséhez.

Használhat harmadik féltől származó Windows-szoftvert, amely lehetővé teszi a PDB fájlok megnyitását és megtekintését. Számos ingyenes asztali alkalmazás érhető el a Windows rendszerhez, amelyeket kipróbálhat. Íme néhány jó, amit használhatsz:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Egy molekula
• RasMol

A] IKmol

Az IQmol egy ingyenes és nyílt forráskódú molekuláris szerkesztő és megjelenítő szoftver Windows 11/10 rendszerhez. Használatával megtekintheti a PDB-t, valamint számos más 3D molekulafájlt, mint a MOL, SMI, CUBE, XYZ stb. Ebben a szoftverben minden fontos molekuláris vizualizációs eszköz megtalálható. Ezek az eszközök az alaptól a haladóig terjednek. A PDB fájl megtekintése mellett a molekulaszerkezetet is szerkesztheti.

Lehetővé teszi több PDB-fájl egyidejű megnyitását és az összes egyidejű megtekintését. A Model View panelen engedélyezheti vagy letilthatja egy vagy több PDB-fájl megjelenítését.

Az IQmol főbb jellemzői:

Ennek az ingyenes és nyílt forráskódú PDB fájlnézegetőnek a szolgáltatásai, amelyekbe belenézhet:

• Megtalálhatja az összes szabványos fájlböngésző eszközt, beleértve a nagyítást/kicsinyítést (egérgörgővel), pásztázást, elforgatást, teljes képernyőt, nézet visszaállítását, tengelyek megjelenítését stb.
• Lehetővé teszi a modell megjelenésének testreszabását olyan paraméterek szerkesztésével, mint a shader, a környezeti fény, a diffúzió, a köd erőssége, a csúcsfények, a zajintenzitás, a POV-Ray paraméterek stb.
• Hozzáadhat atomi címkéket is, például atomtömeg, részleges töltés, NMR, spinsűrűség stb.
• Ez lehetővé teszi a kamera beállításainak tetszés szerinti testreszabását. Beállíthatja a kamera vetítését, helyzetét stb.
• van egy kényelmes Automatikus forgatás egy funkció, amely lehetővé teszi a molekulamodell automatikus elforgatását.
• Az aktuális fehérjeszerkezet-ábrázolást elmentheti képformátumban, például PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS stb.
• Azt is lehetővé teszi, hogy a PDB-t más molekulafájlokká konvertálja a „Mentés másként” funkció segítségével. Támogatott kimeneti formátumok: XYZ, MOL, MOL2, CML stb.
• Használhatod is Számítás függvények kiszámításához molekulaszerkezet energia, erők, PES scan, átmeneti állapot, kémiai eltolódások, geometria, bomlási energia, BSSE korrekció, stb.

A megtekintési funkciókon kívül egy speciális Build menüt kap, amely molekuláris konstrukciós funkciókat tartalmaz. Ezek közé tartozik az új atomok hozzáadása, új molekulák beillesztése, a szerkezet minimalizálása, az izotópok beállítása stb.

Ez egy igazán jó molekuláris modellező szoftver, amellyel megjelenítheti a Protein Data Bank fájljait a számítógépén. Ha tetszik, töltsd le innen .

Lát: A Chem4Word a Microsoft Word kémiai bővítménye. .

B] Swiss-PdbViewer

A Swiss-PdbViewer egy speciális ingyenes PDB fájlnézegető a Windows 11/10 rendszerhez. Lehetővé teszi több fehérjeszerkezet egyidejű megjelenítését és elemzését. Elemezheti a PDB fájlban található fehérje szerkezetét, DNS szerkezetét stb. A PDB fájlon kívül lehetővé teszi a MOL és MMCIF fájlok megnyitását és megtekintését is.

Amikor megnyit egy PDB fájlt, egy 3D-s nézet jelenik meg a felületen a vezérlőpult ablakával együtt. A vezérlőpanel általános információkat, listát és fájlcímet tartalmaz. Könnyedén mozgathatja a szerkezetet, forgathatja, nagyíthatja/kicsinyítheti stb.

Lehetővé teszi továbbá a pontfelület, az alap, a hidrogénkötések, az erővektorok és egyebek megjelenítését vagy elrejtését saját preferenciái szerint. A szerkezet jobb elemzése érdekében különböző részeket is kiemelhet különböző színsémákkal. Ezenkívül használhat olyan megjelenítési funkciókat, mint a Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels stb.

A vizualizációs eszközökön kívül számos molekuláris modellezési funkciót is kap. Ezen kívül energiaszámítást, H-kötés számítást, tartományelemzést, tartománydetektálást, 3D motívumkészítést, krisztallográfiai szimmetriaépítést és egyéb eszközöket is tartalmaz.

Letöltheti innen Hivatalos oldal .

Olvas: A legjobb ingyenes energiaelemző szoftver a Windows 11/10 rendszerhez.

C] QMol

Cumol egy másik ingyenes PDB megjelenítő a Windows 11/10 rendszerhez. Ez egy makromolekuláris szerkezet megjelenítő eszköz, amellyel megtekintheti a PDB fájlokat. További megnyitható és megtekinthető fájlok: DX, MAP, MTZ, CNS stb.

Lehetővé teszi a perspektíva és az ortográfiai nézetek közötti váltást, a modell elforgatását, nagyítást/kicsinyítést stb. A modellt a POV-Ray és annak animációs renderelési módszereivel renderelheti. A renderelt struktúra PNG formátumban menthető. Egy mérőeszköz is rendelkezésre áll, amely lehetővé teszi a távolság, szög és csavarás mérését a modellben.

Ezenkívül további eszközöket is találhat a fehérjeszerkezet további elemzéséhez. Ezek az eszközök magukban foglalják Molekuláris szuperpozíció, Mol felületvágó, Mol felület generálás, Mol kötésszerkesztő, interakcióelemzés, Mol morf animáció, stb.

Ez egy jó szoftver a PDB-fájlokban található fehérjeszerkezet megjelenítésére és elemzésére.

Lát: .LIT opció # Hogyan lehet a LIT-et EPUB-ba vagy MOBI-ba konvertálni Windowson?

e-mail biztonsági mentési szoftver

D] Molekulák

A listán szereplő következő PDB megjelenítő szoftver a Molekel. Ez egy meglehetősen régi, de hatékony molekuláris vizualizációs szoftver, amely lehetővé teszi a PDB fájlok megnyitását és megtekintését. Számos molekuláris vizualizációs és elemző eszközt találhat, amelyek lehetővé teszik a fehérjeszerkezetek elemzését.

Lehetővé teszi a molekulák, atomok, kötések, maradékok stb. megjelenítésének testreszabását. Mindegyikhez különböző megjelenítési típusokat választhat, például Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Drót, pálca, lineáris szalag stb. Ezen kívül beállíthatja a 3D nézet tulajdonságait, megjelenítheti/elrejtheti a határoló dobozokat, árnyékolókat stb. a szerkezetet és az oldószer számára elérhető felület hozzáadását a szerkezethez.

megtalálhatod Élénkség benne egy funkció, amely a molekula szerkezetének animációját játssza le. Ezenkívül rendelkezik egy speciális „Elemzés” menüvel is a megfelelő eszközökkel. Az elemző eszközök segítségével meghatározhatja a rács adatait, a forgási sűrűséget, a molekuláris elektrosztatikus potenciált, az emissziós spektrumot, a távolságot, a szöget stb.

Azt is lehetővé teszi, hogy PDB fájlokat konvertáljon különféle fájlformátumokba. Ezek a formátumok közé tartozik a PDF, PS, EPS és kép. Ha tetszik, megkaphatod Itt .

Olvas: A Complete Anatomy App méltó letöltés a Windows számára. .

E] Rasmol

A RasMol segítségével PDB-fájlokat is megtekinthet Windows 11/10 rendszeren. Ez egy ingyenes és nyílt forráskódú szoftver, amely lehetővé teszi molekuláris szerkezetek megjelenítését és elemzését. Más fájlok megnyitását és megtekintését is támogatja, mint például a MOL, XYZ, CIF, MOPAC stb.

Lehetővé teszi a szerkezet megtekintését keretként, láncként, rudakként, szalagokként, szálakként stb. A szerkezet különböző részeit is kiemelheti különböző színekkel. Lehetővé teszi a hidrogénatomok, heteroatomok, árnyékok, címkék stb. megjelenítését vagy elrejtését saját preferenciái szerint. Mérhet távolságot, torziót, szöget és egyéb értékeket a szerkezetben.

Ez a szoftver elérhető Itt .

Lát: A legjobb ingyenes 3D emberi anatómiai szoftver Windowshoz.

2] Próbáljon ki egy ingyenes online eszközt PDB-fájlok olvasásához.

Egy ingyenes online eszközt is használhat a PDB fájlok megnyitásához és megtekintéséhez. Mindössze annyit kell tennie, hogy megnyitja a webhelyet egy webböngészőben, és letölti a PDB fájlt a megtekintéséhez. Íme néhány jó ingyenes online PDB-néző, amelyet kipróbálhat:

• RCSB EKT
• Molsoft

A] RCSB EKT

A Windows nem tudta elindítani a diagnosztikai házirend-szolgáltatást

Az RCSB PDB nevű ingyenes online eszköz segítségével megjelenítheti a Protein Data Bank fájljait. Lehetővé teszi egy PDB-fájl importálását, majd annak molekuláris szerkezetének megjelenítését és elemzését.

Megtalálható néhány alapvető vizualizációs funkció, mint például a nagyítás, az elforgatás, a speciális portnézet váltása, a kamera alaphelyzetbe állítása, a kiválasztási mód váltása stb. Lehetővé teszi bizonyos beállítások vagy vezérlési beállítások módosítását is, mint például a kameramód (perspektíva vagy ortográfiai), háttérszín, /ki. tiltsa le az okklúziót, engedélyezze/letiltja a ködöt, a vágást, a helyet stb.

Ez jár hozzá Élő funkció. Ennek segítségével automatikusan elforgathatja a fehérje szerkezetét. Ezzel beállíthatja a forgási sebességet és a szöget. Dedikált is kapsz Mérés szerszám benne. Ezzel az eszközzel több értéket is megtudhat, például távolságot, tájolást, szöget és egyebeket.

Ezeken a funkciókon kívül számos más hasznos eszköz is elérhető: szerkezet-motívum-keresés, komponensek hozzáadása, animáció exportálás, geometria exportálás (STL, OBJ stb.) és modellexportálás.

Összességében ez egy igazán jó ingyenes online PDB-megtekintő nagyszerű vizualizációs eszközökkel. Megpróbálhatod Itt .

B] Molsoft

A Molsoft egy másik online eszköz, amely PDB-struktúrák megjelenítésére használható. Ez egy egyszerű PDB fájlnézegető alapvető funkciókkal. Először nyissa ki Weboldal és kattintson a háromsávos menüopcióra. Ezután válassza a „Megnyitás” lehetőséget egy helyileg mentett PDB-fájl importálásához, vagy töltsön fel egy fájlt a Google Drive-ról. Amikor kiválaszt egy fájlt, az megjeleníti a molekuláris szerkezetet a megjelenítőben.

A szerkezet megjelenítéséhez különböző nézeti módokat használhat. Ezek a nézetek tartalmazzák a drótvázat, a kreatin-foszfokinázt (CPK), a labdát és a rudat, a szalagot és még sok mást. Könnyedén válthat ezek között a nézeti módok között, igényeinek megfelelően. Ezenkívül lehetővé teszi az atomcímkék, maradékcímkék, hidrogénkötések és helyek engedélyezését vagy letiltását a szerkezet jobb megértése érdekében.

Mérőeszközöket is biztosít. A modellben távolságot, síkszöget és csavarási szöget mérhet. Ezen kívül elérhető egy praktikus Color by function, amely lehetővé teszi a szerkezet színezését atomtípus, lánc, igazítás, másodlagos szerkezet stb. szerint.

Ez egy másik jó online PDB fájlnézegető, amelyet ingyenesen kipróbálhat.

Hogyan lehet letölteni egy PDB fájlt a Protein Data Bankból?

Ha PDB fájlt szeretne letölteni a Protein Data Bankból, keresse fel a Protein Data Bank webhelyét, írja be és keresse meg a fehérje vagy makromolekula nevét, például humán hemoglobint, kitinázt stb. Ezután válassza ki a fájlt a keresési eredmények közül, és használja a letöltési lehetőséget a PDB fájl letöltéséhez. Ilyen egyszerű az egész.

Hogyan lehet megtekinteni az EKT struktúráit?

Az előzetes költségvetési tervezet molekuláris szerkezetei egy erre a célra szolgáló online eszközzel vagy szoftveralkalmazással tekinthetők meg. Kipróbálhat ingyenes szoftvereket, például az IQmol-t, a Swiss-PdbViewer-t és a CueMol-t, hogy megjelenítse és elemezze az EDB-struktúrákat a számítógépén. Ha inkább online eszközt szeretne használni, számos lehetőség közül választhat. Próbálja ki például az olyan webszolgáltatásokat, mint az RCSB PDB és a Molsoft. Ezek ingyenes online PDB fájlnézegetők, amelyek fejlett molekuláris vizualizációs és elemzési eszközöket biztosítanak.

Hogyan lehet PDB fájlt PDF-be konvertálni?

A PDB-fájl PDF-be konvertálásához használhatja ezt az ingyenes Molekel nevű asztali alkalmazást. Ez egy speciális „Mentés PDF-be” opciót biztosít, amely lehetővé teszi a PDB-fájl PDF formátumba konvertálását. Nyissa meg a PDB fájlt, majd kattintson a „Fájl” > „Mentés PDF-be” lehetőségre a PDB PDF-be konvertálásához. Ebben a bejegyzésben részletesen tárgyaltuk ezt a szoftvert, nézze meg fent.

Ez minden.

Most olvasd el: A legjobb ingyenes molekuláris modellező szoftver Windowshoz.